Der Stadtrat ist für die Regierungsgeschäfte und die Führung der Stadtverwaltung verantwortlich. Jedes der fünf Mitglieder führt ein so genanntes Referat, dem verschiedene Verwaltungsbereiche angehören.

Seit 2013 vertritt Dr. jur. Raphaël Rohner die FDP im Schaffhauser Stadtrat.